El Movimiento Patria Querida trae su origen desde el proyecto Paraguay Jaipotava (El Paraguay que queremos) implementado a partir de 1999 por las organizaciones laicas de la Iglesia Católica, con el apoyo directo de la jerarquía eclesiástica.

De este entorno surge la figura de Pedro Fadul, empresario católico muy reconocido, ex presidente de la Asociación de Empresarios Católico (ADEC), alrededor del cual a final de 2001 se aglutina el grupo fundador del Movimiento Patria Querida.

El movimiento nace como respuesta a la crisis de credibilidad de los partidos Tradicionales (Partido Colorado y Partido Liberal Radical Autentico) en un periodo de fuerte crisis económica por el país.

Alrededor del grupo fundador de Patria Querida, rápidamente se reunieron muchos ex dirigentes del Partido Encuentro Nacional (en caída libre en el apoyo de los electores), disidentes de los partidos colorados y liberales, empresarios, profesionales y dirigentes de organizaciones católicas.

Durante el 2002 el Movimiento Patria Querida desarrollo llevó adelante su organización en todo el territorio de la República y desarrollo algunas campaña política de apoyo a su actividades como al recolección de firmas para la presentación de una ley de incoativa popular para la presentación de listas abiertas en las elecciones a cargos pluripersonales (diputados, senadores, etc.).

Esta fase de organización les permitió ampliar constantemente su caudal potencial de votos, llegando en las últimas encuestas preelectorales cerca del 25%, a muy pocos puntos del Partido Colorado (que gobierno el país sin interrupción desde 1947) y por delante del Partido Liberal Radical Autentico que siempre ha sido la primera minoría en este periodo de tiempo.

En las elecciones del 27 de Abril de 2003 el Movimiento Patria Querida presenta candidatos a Presidente y Vicepresidente de la República, a Senadores, a Diputados, a cargos de Gobernador Departamental y a cargo de miembros de Junta Departamental.