El en sus inicios denominado Movimiento Encuentro Nacional surgió como movimiento político independiente en fecha 26 de octubre de 1991, liderado por Guillermo Caballero Vargas. El objetivo de este movimiento político fue desde sus orígenes "...ofrecer al país los mejores hombres, y mujeres, los /as más capacitados/as, honestos/as los que realmente quieren construir una ciudad basada en la Justicia Social y en un Estado de Derecho…", según dice el programa de fundación del movimiento.
La propuesta de este movimiento fue refundar la República; en una sociedad democrática en la que cada ciudadano y cada grupo o asociación intermedia desplegara su actividad con plena y segura libertad .
En las elecciones generales de 1993 se presentó este movimiento con la fórmula Caballero Vargas-María Victoria Brusquetti, conformándose una alianza con el Partido Febrerista, el movimiento Asunción Para Todos y la Unidad Social Cristiana. Esta coalición opositora constituyó en las elecciones una tercera opción válida, obteniendo el 23,14% de los votos para presidente. Para senadores el 17,30 %, logrando además colocar nueve bancas en la Cámara de Diputados y un Gobernador Departamental en el interior del país.
En las elecciones municipales de 1996, el Partido Encuentro Nacional, ya ampliamente difundido en toda la República, se alía con el Partido Liberal Radical Auténtico, primera fuerza opositora del país, y ambos Partidos presentan un candidato de consenso: Martín Burt, del Partido Liberal, como candidato para el municipio que gana la intendencia de Asunción. Esta alianza también se conformó en otros municipios del interior.
Para las elecciones generales del 1998, también se conformó un acuerdo político con el Partido Liberal Radical Auténtico, presentando como candidato a la Presidencia a Domingo Laíno (PLRA) y como Vicepresidente a Carlos Filizzola (PEN) y, a pesar de la derrota sufrida por la alianza, ocuparon el segundo lugar en la escala de votación y obtuvieron un número interesante de bancas para senadores y diputados.
Tras los sucesos de marzo de 1999, el PEN formó parte del Gobierno de Unidad Nacional, donde importantes figuras del Partido han pasado a conformar el Gabinete de Luis González Macchi, entre ellos Guillermo Caballero Vargas (asesor económico), Silvio Ferreira (Ministro de Justicia y Trabajo) y Euclides Acevedo (Ministro de Industria y Comercio).
En las Elecciones de 2000 para Vicepresidente de la República, esta nucleación política no presentó ningún candidato, pero sus dirigentes dieron su apoyo al candidato colorado, Félix Argaña.
La salida por parte del Partido Liberal Radical Auténtico del Gobierno de Unidad Nacional del Presidente González Macchi, dejó al Partido Encuentro Nacional en la incómoda posición de quedarse como el único aliado de gobierno del Partido Colorado, aliado marginal considerando el diferente caudal electoral de los dos partidos.
La crisis de credibilidad hacia la ciudadanía que el Gobierno de González Macchi empezó a arrastrar ya a partir del final del año 2000 consiguió restar credibilidad también al Encuentro Nacional, que empezó a ser visto como un partido vasallo del Partido Colorado. Esta percepción, junto a la salida del partido del viejo grupo de Asunción para Todos, liderado por el ex intendente de Asunción Carlos Filizzola, que fundará el Partido País Solidario, aumentará esta crisis que explotará definitivamente durante las elecciones municipales de 2001, cuando el Partido Encuentro Nacional no consiguió recolectar que el 3,5% de los votos a escala nacional, muy poco por un partido que solo 8 años antes era considerada la tercera fuerza del país.
En las elecciones del 27 de Abril de 2003 el Partido Encuentro Nacional presenta candidatos a Presidente y Vicepresidente de la República, a Senadores, a Diputados, a cargos de Gobernador Departamental y a cargo de miembros de Junta Departamental.
